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📚QIIME 2 16S扩增子分析基础流程及常用命令✨

发布时间:2025-03-26 18:41:04来源:

微生物组研究中,QIIME 2 是一款强大的工具!👇以下是新手也能轻松上手的基础流程和实用命令。💡

首先,安装 QIIME 2 并导入数据 📥:

```bash

conda install -c conda-forge qiime2=2023.4

qiime tools import --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' --input-path demux.qza --output-path demux.qza

```

接着,进行质量控制 🧪:

```bash

qiime quality-filter q-score --i-demultiplexed-sequences demux.qza --o-filtered-sequences filtered.qza

```

然后,对序列聚类并分类鉴定 🌱:

```bash

qiime vsearch cluster-features-de-novo --i-sequences filtered.qza --p-perc-identity 0.97 --o-clustered-table table.qza

qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier classifier.qza --i-reads table.qza --o-classification taxonomy.qza

```

最后,可视化结果 📊:

```bash

qiime tools export --input-path taxonomy.qza --output-path taxonomy_export

```

掌握这些基础步骤,你就能开始探索微生物世界的奥秘啦!🌍 微生物组 QIIME2 16S扩增子

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