微生物组研究中,QIIME 2 是一款强大的工具!👇以下是新手也能轻松上手的基础流程和实用命令。💡
首先,安装 QIIME 2 并导入数据 📥:
```bash
conda install -c conda-forge qiime2=2023.4
qiime tools import --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' --input-path demux.qza --output-path demux.qza
```
接着,进行质量控制 🧪:
```bash
qiime quality-filter q-score --i-demultiplexed-sequences demux.qza --o-filtered-sequences filtered.qza
```
然后,对序列聚类并分类鉴定 🌱:
```bash
qiime vsearch cluster-features-de-novo --i-sequences filtered.qza --p-perc-identity 0.97 --o-clustered-table table.qza
qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier classifier.qza --i-reads table.qza --o-classification taxonomy.qza
```
最后,可视化结果 📊:
```bash
qiime tools export --input-path taxonomy.qza --output-path taxonomy_export
```
掌握这些基础步骤,你就能开始探索微生物世界的奥秘啦!🌍 微生物组 QIIME2 16S扩增子
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